Para cumplir con el propósito misional de proteger el patrimonio ambiental y establecer mecanismos para el cumplimiento de la Política Ambiental emitida por el Consejo Superior Universitario, el SGA cuenta con una estructura funcional que le permite generar estrategias e implementar acciones cuyo alcance fortalece el orden institucional desde los diferentes niveles que componen la Universidad.

En dicha estructura se resalta:

• La Vicerrectoría General, que en su calidad de Alta Dirección, lidera el SGA
• La Coordinación Nacional de Gestión Ambiental, instancia que articula y contribuye en la orientación de propuestas y recomendaciones
• El Comité Técnico Nacional de Gestión Ambiental, ente asesor y consultivo en materia ambiental
• Las Oficinas de Gestión Ambiental y los responsables de Gestión Ambiental de las sedes, quienes garantizan un adecuado equilibrio en la implementación de aspectos estratégicos y operativos a nivel de sede.